Các biên niên sử Java mô tả Amangkurat II là một nhà cai trị yếu đuối, dễ bị ảnh hưởng, trong khi Vương tử Puger, em trai cùng cha khác mẹ của ông, có vai trò sâu sắc hơn trong chính phủ. Amangkurat II lên ngôi với sự giúp đỡ của người Hà Lan và cuối cùng phải trả chi phí chiến tranh lên tới 2,5 triệu guilder. Một quan chức chống Hà Lan là Patih Nerangkusuma đã thành công trong việc thuyết phục ông thoát nợ.

Bằng cách giúp đỡ giành lại ngôi vị, người Hà Lan đặt Amangkurat II dưới sự kiểm soát chặt chẽ của họ. Amangkurat II rõ ràng không hài lòng với tình hình này, đặc biệt là việc Hà Lan ngày càng kiểm soát bờ biển, nhưng ông bất lực trước khoản nợ tài chính tê liệt và mối đe dọa từ sức mạnh quân sự của Hà Lan. Quốc vương tham gia vào một loạt âm mưu nhằm cố gắng làm suy yếu vị thế của Hà Lan nhưng không đối đầu trực tiếp với họ. Ví dụ, ông cố gắng hợp tác với các vương quốc khác như Cirebon và Johor,[10] và triều đình che chở cho những người bị người Hà Lan truy nã vì tội tấn công các văn phòng thuộc địa hoặc làm gián đoạn việc vận chuyển, chẳng hạn như Untung Surapati. Amangkurat II cấp cho người này một dinh thự tại làng Babirong, và Untung Surapati củng cố sức mạnh của mình tại đó.

Năm 1685, Batavia (nay là Jakarta) cử François Tack, viên sĩ quan đã bắt Trunajaya, tới triều đình của Amangkurat II tại Kartasura để bắt Surapati và đàm phán thêm chi tiết về thỏa thuận giữa người Hà Lan và Amangkurat II.[11] François Tack bị giết khi truy đuổi Surapati tại Kartasura,[12] nhưng Batavia quyết định không làm gì vì tình hình ở Batavia không hề ổn định, chẳng hạn như cuộc nổi dậy của Thuyền trưởng Jonker, một chỉ huy bản địa của khu dân cư người Ambon tại Batavia, vào năm 1689.[13] Chủ yếu là do sự cố này, đến cuối triều đại của ông, Amangkurat II đã bị người Hà Lan mất lòng tin sâu sắc, nhưng Batavia cũng không quan tâm đến việc kích động một cuộc chiến tốn kém khác tại Java.

Amangkurat II sau đó chấp thuận cho Untung Suropati và Nerangkusuma chiếm giữ huyện Pasuruan. Anggajaya, Nhiếp chính của Pasuruan, người ban đầu được chính Amangkurat II bổ nhiệm, đã phải trở thành nạn nhân. Người này trốn đến Surabaya cùng với em trai là Anggawangsa.

Thái độ mơ hồ của Amangkurat II thu hút sự chú ý của Công ty Đông Ấn Hà Lan, họ tìm thấy bức thư của Amangkurat II gửi cho các vương quốc Hồi giáo Cirebon, Johor, Palembang, và Anh, trong đó thúc giục tiến hành chiến tranh với Cộng hòa Hà Lan. Amangkurat II cũng ủng hộ cuộc nổi dậy của Thuyền trưởng Jonker năm 1689.

Công ty Đông Ấn Hà Lan tăng áp lực lên triều đình Mataram về chi phí chiến tranh 2,5 triệu guilder. Bản thân Amangkurat II cố gắng cải thiện quan hệ bằng cách giả vờ xâm chiếm Untung Suropati tại Pasuruan.